老林中，政府军于是进入苦菜关。碰上童元镇在乌江战败，陈璘害怕了，请求撤退，总督李化龙不同意。陈璘于是进军楠木桥，驻扎湄潭。匪徒全都聚集在青蛇、长坎、玛瑙、保子四座囤子里，地势都很险要，而青蛇囤为最。陈璘商议，同一天进攻四囤则兵力不够，只攻击一囤，那么其余三囤一定来增援。于是先攻击三囤，然后进攻青蛇囤。陈良笿部也来会师，让他到囤后埋伏，另外派一支部队把守板角关，防止敌人逃跑。陈璘统领各将大力攻击了三天，敌人死伤无数，三囤于是被攻占，青蛇囤四面都是悬崖绝壁，陈璘包围了三面，用重金收买不怕死的人从玛瑙后面爬着树藤到山后放炮。匪徒惊慌失措，各路大军进攻，放火焚烧茅屋。匪徒退进囤内，木头石块纷纷落下。将士冒死冲锋，摧毁了两重大栅栏，前后夹击。匪徒大败，斩首一千九百多人，七牌的匪徒也被消灭了。

于是分兵六路，攻克大小三渡关，乘胜直达海龙囤下。各将都攻击海龙囤前面，唯独水西安疆臣在后面攻击。战局四十多天相持不下。部下接受匪徒的重礼贿赂，很多人与他们勾结，还偷偷地把火药送给匪徒，所以匪徒事前不做防备。后来陈璘知道了，跟监军商量，让安疆臣后撤三十里。陈璘也把部队转移到别处，在距离囤子一丈多远的地方安置一百多个铁牌，匪徒强劲的弓箭也就失去了作用。又用竹子削成箭板安放在栅栏前面，匪徒每天晚上出来抢劫，被竹箭板钉伤，不敢再出来了。杨应龙到了山穷水尽的地步，聚集在一起哭泣。李化龙当初下令，让各将分开时间轮番进攻。六月六日，轮到陈璘和吴广进攻，陈璘在晚上四更时分让士兵含竹木片上山。匪徒正在熟睡，杀死守关的匪徒，树起白旗，鸣放大炮。匪徒十分惊慌，四处逃散，杨应龙放火自焚。吴广的军队也到了，匪徒全部被消灭。

于是转移军队征讨皮林。皮林在湖广、贵州交界，跟九股苗接壤。有一个叫吴国佐的，是洪州司特峒寨的苗民，凶暴狡猾，是个无赖。他的叔父大荣因叛乱被杀，吴国佐收容了他的小老婆。黎平府把他逼得紧了，于是造反，自称“天皇上将”他的党徒石纂太称为“太保”联合攻击上黄堡，引诱参将黄冲霄并打败了他，把他追赶到永从县，杀死守备张世忠，把他烤着吃了。抢劫了七十多个屯堡，焚烧了五开南城，攻陷永从县城，包围了中潮所。这时正在征伐播州，抽不出时间来讨伐他们。播州平定后，偏沅巡抚江铎命令陈璘和陈良笿联合兵力征讨他们，陈良王比失败。第二年，江铎移驻靖州，命令陈璘率领副将李遇文等人分七路进军。陈璘抓获苗民首领银贡等人。游击宋大斌攻破特峒，放火烧了它。吴国佐逃到天浦四十八寨，又进入古州毛洞，追击并抓获了他。石纂太逃到广西上岩山，指挥徐时达诱惑并抓获了他。叛党杨永禄率领一万多党羽屯兵白冲，游击沈弘猷等人夹攻，活捉杨永禄，各苗民都平定了。

征伐播州时，陈璘派使者到李化龙家行贿。正好碰到刘纟廷的使者被李化龙的父亲赶出来了。陈璘的使者赶快跑掉了。李化龙向朝廷上疏，刘纟廷获罪，陈璘无罪。后来兵部尚书田乐推举陈璘镇守贵州，给事中洪赡祖于是揭发陈璘投机钻营。皇帝因为陈璘东征西讨屡立战功，最终同意了田乐的建议。贵州东西二路的苗民叫仲家苗，盘距在贵龙、平新之间，是各苗民最大的团伙；在铜仁、思石之交的水臺山居住的叫山苗，是红苗的有力帮手。自从平定播州后，贵州的人力物力都非常贫乏，苗民逐渐有了反叛的企图，抢劫掠夺没有一天停止过。万历三十二年(1604)冬天，巡抚郭子章向朝廷请求出兵。第二年四月命令陈璘率部一万人攻打水臺，游击刘岳率领宣慰使安疆臣部一万人进攻西路，全都攻克了，于是命令陈璘移师到新添，单独进攻东路，又攻克了。活捉苗民头目十二人，斩首三千多，投降的一万三千多人，辖区内从此安宁了。改派镇守广东，死在官任上。先因为平定播州有功，加封左都督，世代荫封指挥使。死后，又因为平定苗民有功，追赠太子太保，再次荫封为百户。

邓子龙，江西丰城人。身材魁梧，勇猛敏捷，无与伦比。嘉靖年间，江西强盗造反，抢劫樟树镇。邓子龙应有关官署的招募，讨平了他们。立下战功，授职广东把总。

万历年间，跟着大帅张元勋讨平巨盗赖元爵。此后，跟着讨平了陈金莺、罗绍清。土匪头子黄高晖逃跑，邓子龙追到山中活捉了他。提升为铜鼓石守备。不久提拔代理都指挥佥事，掌管浙江都司。被人议论应当剥夺官职，皇帝以邓子龙的罪行较轻，正好麻阳苗民金道侣等人造反，于是提拔他为参将去征讨。邓子龙大败敌人，解散苗民团伙。五开卫的士兵胡若卢等人放火烧了监司行署，鞭打赶走了守备以及黎平守备。靖州、铜鼓、龙里各苗民都响应他叛乱了。邓子龙放火烧东门引诱敌人，而悄悄派兵进入北门，强盗于是被消灭。

万历十一年(1583)闰二月，缅甸进犯云南。下诏将邓子龙调往永昌。木邦部落耿马奸邪的罕虔和岳凤都是叛党，说服缅甸首领莽应里侵犯内地，罕虔参与抢劫干崖、南甸。此后，引渡查理江，直接攻打姚关。湾甸土知州景宗真和他的弟弟景宗材协助他。邓子龙在攀枝树和敌人急战。战斗中杀死景宗真、罕虔，活捉景宗材，罕虔的儿子招罕、招色逃到三尖山，叫他的叔叔罕老率领一千五百名蒲人药弓手到关隘险要处阻击。邓子龙拿银子引诱蒲人，详细地得知通往敌人的小路。于是命令偏将邓勇等人率领北胜、蒗渠各番兵，直捣敌人的老巢，而预先在山后设下伏兵夹击。上半夜，活捉招罕、招色、罕老以及同党一百三十多人，斩首五百多级，尖山空虚，于是招抚流民数千人迁入。正好刘纟廷也进献俘虏岳凤。皇帝很高兴，晋升邓子龙为副总兵，给予世代荫封。不久，缅甸人又进犯猛密，把总高国春大败他们。邓子龙因助防有功，也被从优升级。从此以后，先前依附缅甸的蛮人，很多都来归附。